Fermée au public en 1995, L’église Saint-Merry de Linas a fait l’objet de deux campagnes de travaux d’urgence et de consolidation, en 1999 et en 2008.

La campagne de travaux des années 2010 était divisée en trois tranches :

• une tranche ferme concerne la restauration des intérieurs et des façades du chœur, ainsi que la mise hors d’eau de ce dernier ;
• une tranche conditionnelle 1 concerne la restauration des intérieurs de la nef et de la sacristie, celle de la façade du bas-côté sud du chœur et la mise hors d’eau de la nef ;
• une tranche conditionnelle 2 concerne la restauration de la salle capitulaire, l’aménagement d’un sanitaire dans l’appentis de la sacristie et la restauration des élévations du clocher.

Les seules interventions produisant des modifications de l’aspect ont été celles :

• visant à rétablir la planéité des sols du chœur et limiter les risques de nouveaux affaissements du fait de la présence de maintes sépultures ;
• achevant le grand parti inachevé du XIX^e siècle, dans la continuation de l’église du XVI^e siècle. Le parti pris vis-à-vis des clôtures a été, dans un souci de cohérence et de continuité, d’entériner la conception des vitraux du mur gouttereau sud.